En el año de 1554 se funda el convento de San Francisco de Almoloyan, por gestiones realizadas por el Capitán Francisco Cortés de San Buenaventura, primer Alcalde mayor de Colima.
Con Don Francisco Cortés de San Buenaventura llegaron a Colima los primeros misioneros, los franciscanos Fray Juan de Padilla y Fray Miguel de Bolonia.
El Convento de San Francisco de Almoloyan sufrió severos daños y su templo fue destruido parcialmente por el gran temblor del 31 de Mayo de 1818, en ese año el señor cura Don Gerónimo de Arzac pasó el culto al barrio de los Martínez, hoy Villa de Álvarez.
Alrededor de lo que es la iglesia de San Francisco de Almoloyan, se encuentra un hermoso jardín, cuenta con una gran variedad de flores y árboles, además de un área de juegos infantiles.
